BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) Biyoinformatik çalışmalarda kullanılan GenBank veritabanına ait, nükleik asit ve protein sekanslarının analizini yapmaya yarayan bir hizalama arama motorudur.

Nükleik asit ve protein veritabanında yüklü olan tüm sekanslarla, dizisi bilinen ama tanımlı olmayan gen dizilerini karşılaştırır ve benzerlik oranlarına göre gen bölgelerini yüksekten başlayarak listeler. Bu genler listelenirken GenBank erişim numaraları ile gösterilir. Bunlara ait protein ve nükleik asit sekansları ise FASTA formatında gösterilir ve analizler bu format kullanılarak yapılır.[1]

Değişik BLAST uygulamalarıyla değişik organizmalarda gen hizalama çalışmaları yapılabilir. Bunun sonucunda önce analizi yapılan proteine ait sekansın protein ailesi, daha sonra ise hizalama skorlarına göre değişiklik gösteren bir renk skalası görülür. Benzeme oranı kırmızı renkte maksimum olacak şekilde ( 200 baz çiftinin üzerinde), kırmızıdan siyaha doğru gösterilir ve bu sayede benzerlik oranları aranılan gende incelenebilir. Sayfanın altında ise benzerlik oranlarına göre erişim numaraları ile listelenmiş olan sekanslar en yüksek benzerlik oranından düşüğe doğru listelenir ve listelenmiş olan her bir sekansın aynı zamanda açıklaması, E değeri ve benzeme yüzdesi de gösterilir.

Kaynakça

  1. ↑ Biyoinformatik, M. C. Baloğlu, A.T. Bayraç, G. Sadi, C. Bayraç, Moleküler Biyoloji, Editörler: M. Karataş, Basım: Nobel Akademik Yayıncılık, 2012, ISBN 978-605-88012-7-1, sayfalar: 721 - 748
This article is issued from Vikipedi - version of the 10/20/2016. The text is available under the Creative Commons Attribution/Share Alike but additional terms may apply for the media files.