DNA dizisi

Bir otomatik dizileme aracının çıktısından okunabilen DNA dizisi

DNA dizisi veya genetik dizi, gerçek veya hayalî bir DNA molekülü veya ipliğinin birincil yapısına karşılık gelen harfler dizisidir.

Bu dizide bulunan harfler A, C, G, ve T 'dir, bunlar DNA ipliğinde bulunan adenin, sitozin, guanin, ve timin adlı dört bazı temsil eder. Tipik olarak bu diziyi oluşturan harfler birbirine bitişik olarak, aralarda boşluk olmaksızın yazılır, örneğin AAAGTCTGAC gibi; bu dizinin soldan sağa okunuşu 5'-3' doğrultusuna karşılık gelir.

Fonksiyona göre bir DNA dizisine anlamlı veya anti-anlamlı ve kodlayan veya kodlamayan olarak değinilebilir.

Bir DNA molekülünün baz dizisinin okunmasına DNA dizilemesi denir.

Belirsizlik sembolleri

Özel durumlarda bir dizide A, T, C ve G dışında harfler bulunabilir. Bu harfler dizide belirsizlik olduğunu belirtmek için kullanılır. Saf ve Uygulamalı Kimya Uluslararası Birliği (IUPAC)'nin bu amaç için belirlemiş olduğu sembollerin anlamları (ve anımsatıcıları) şöyledir:[1]

Yukarıda belirtilen belirsizlik sembolleri başlıca iki durumda kullanılır:

Dizi formatları

DNA dizilerinin biyoenformatik programları tarafından okunması için belli standart formatlar oluşmuştur. Örneğin bunların en yaygını olan FASTA formatında birinci satır bir ">" sembolünü takibeden bir başlık içerir, onu izleyen satırlarda ise DNA dizisi yer alır.[2] Örneğin:

>gi|14456711|ref|NM_000558.3| Homo sapiens hemoglobin, alpha 1 (HBA1), mRNA
ACTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCACCATGGTGCTGTCTCCTGCCGACAAGACCAACGTC
AAGGCCGCCTGGGGTAAGGTCGGCGCGCACGCTGGCGAGTATGGTGCGGAGGCCCTGGAGAGGATGTTCC
TGTCCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCGCACTTCGACCTGAGCCACGGCTCTGCCCAGGTTAAGGG
CCACGGCAAGAAGGTGGCCGACGCGCTGACCAACGCCGTGGCGCACGTGGACGACATGCCCAACGCGCTG
TCCGCCCTGAGCGACCTGCACGCGCACAAGCTTCGGGTGGACCCGGTCAACTTCAAGCTCCTAAGCCACT
GCCTGCTGGTGACCCTGGCCGCCCACCTCCCCGCCGAGTTCACCCCTGCGGTGCACGCCTCCCTGGACAA
GTTCCTGGCTTCTGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAAATACCGTTAAGCTGGAGCCTCGGTGGCCATGCTT
CTTGCCCCTTGGGCCTCCCCCCAGCCCCTCCTCCCCTTCCTGCACCCGTACCCCCGTGGTCTTTGAATAA
AGTCTGAGTGGGCGGC

Ayrıca bakınız

Kaynakça

This article is issued from Vikipedi - version of the 11/6/2016. The text is available under the Creative Commons Attribution/Share Alike but additional terms may apply for the media files.