Moleküler dinamik

Çok parçacıklı sistemlerin fiziksel özelliklerini klasik fizik yasalarından yola çıkarak belirli bir zaman aralığında analiz etmek amaçlı kullanılan bir tekniktir. Genelde biyolojik yapılar ve katı malzemelerin termodinamik ya da mekanik özelliklerini anlamak için uygulanır. Her parçacık birer katı küreymiş gibi düşünülür ve sırasıyla her atom üzerindeki potansiyel hesaplanır. Buradan söz konusu parçacığın üzerindeki net kuvvet bulunur ve Newton'un ikinci yasası kullanılarak parçacığın yörüngesi belirli bir zaman için hesaplanır. Parçacıklar katı küre gibi düşünüldüğünden kuantum mekaniksel etkiler yok farz edilir. Bu durumdan kaynaklanan hatalar da potansiyel fonksiyonlarındaki düzeltme terimleriyle giderilmeye çalışılır. En çok kullanılan potansiyel fonksiyonları başında AMBER, GROMOS ve CHARMM gelmektedir. En çok kullanılan Moleküler Dinamik yazılımlarının başında ise NAMD ve GROMACS gelir. Ayrıca görselleştirme amacıyla kullanılan VMD ve PyMOL isimli iki yazılım da bulunmaktadır.