Peptit bağı
Ribozom tarafından protein sentezlenirken; bir amino asidin amino grubuyla, diğerinin karboksilik asit grubunun bir su çekilme tepkimesiyle birbirine bağlanması ile oluşan kimyasal bağ.
geniş olarak anlatırsak;
Proteinler peptid bağlarıyla birbirine bağlanmış amino asitlerin doğrusal dizinleridir. Peptid bağı bir aa’in α- amino grubuyla diğer bir aa’in α-karboksil grubu arasında meydana gelen Kovalent bağdır.
İki aa, bir dipeptid oluşturmak üzere bir peptid bağla birbirine bağlandığında halen bir uçta diğer serbest bir amino grubu, diğer uçta serbest bir karboksil grubu vardır. Bunların her biri sırayla daha fazla aa’e bağlanabilir.
Böylece uzun ve dallanmamış aa zincirleri, oligopeptidler ve polipeptidler oluşturmak üzere peptid bağlarıyla birbirlerine bağlanabilirler.
Karbon ve azot arasındaki peptid bağı karbonil karbon-oksijen çiftbağına yakınlığından dolayı kısmi çift bağ karakteri gösterir ve rezonans yapılarını mümkün kılar.
Bundan dolayı da C-N ve Cα-C bağları etrafında serbest dönüş meydana gelebilmesi ve dolayısıyla bitişik peptid birimlerinin farklı açılarda olabilmesine rağmen CO-NH atomlarından oluşan peptid birimi nispepten katı ve düzlemseldir.
Amino grubunun H i aynı tarafta olmaktan ziyade neredeyse her zaman karbonil grubunun oksijeniyle yapılan çift bağın karşı tarfafındadır.
Bir protein omurgası katı düzlemsel bağlanmış peptid gruplarının bir dizisidir. Bir polipeptidin omurga komformasyonu her bir aa’in Cα-N bağı ve Cα-C bağı etrafındaki rotasyon açıları veya burulma açılarıyla belirlenir.
Polipeptid zinciri düzlemsel, tamamen uzamış konformasyonda olduğunda φ ve Ψ açılarının her ikisi de 180° olarak tanımlanır.
Ve Cα’dan bakıldığında saat yönüne dönüşte artış olur.
Bir polipeptid omurgasındaki rotasyon açıları olan φ ve Ψ ‘nin konformasyonel aralığı sterik engelleme ile kısıtlanır.
φ ve Ψ'nin sterik olarak mümkün kılınan değerleri, merkezi peptid biçimi için bütün φ ve Ψ değerlerinde ki bir tripeptidin atomları arasındaki uzaklıkları hesaplayarak belirlenebilir. Görselleştirlilmesi ise konformasyon haritası veya Ramachandran grafiği olarak bilinen sterik eş yükselti diyagramı ile sağlanır.
Konformasyon haritasının sadece 3 küçük bölgesinde fiziksel olarak bir polipeptid zinciri oluşturabilir.
Bu bölgeler sağ-el α- sarmalı, paralel ve antiparalel β- kıvrimlı tabakalar ve kollajen sarmalı oluşturan φ ve Ψ değerlendirilir.