Kodlamayan RNA

Kodlamayan RNA, proteine çevirisi yapılmayan işlevsel bir RNA molekülüdür. İngilizce literatürde non-coding RNA''nın kısaltması olan ncRNA olarak anılırlar, daha az sıklıkla kullanılan diğer adları non-protein-coding RNA (npcRNA; protein kodlamayan RNA), non-messenger RNA (nmRNA; mesajcı olmayan RNA), small non-messenger RNA (snmRNA; küçük mesajcı olmayan RNA), functional RNA (fRNA; işlevsel RNA). Küçük RNA (İngilizce small RNA veya sRNA) terimi bakterilerde kullanılır. Kodlamayan RNA'nın yazıldığı DNA dizileri RNA geni veya kodlamayan RNA geni olarak adlandırılır.

Kodlamayan RNA'lar arasında, taşıyıcı RNA, ribozomal RNA gibi yaygın ve işlevsel olarak önemli RNA'ların yanı sıra, snoRNA'lar, mikroRNA'lar, siRNA'lar ve piRNA'lar sayılabilir. Gen kodlamayan RNA'ların bir cinsi olan uzun ncRNA'ların bazı örnekleri olarak Xist ve HOTAIR gösterilebilir (ncRNA'ların daha ayrıntılı bir listesi için RNA'lar listesine bakınız). İnsan genomunda ncRNA'ların sayısı bilinmemektedir, ancak yakın zamanda elde edilen bulgular binlerce ncRNA'nın var olduğunu göstermektedir.[1][2][3] Yeni tespit edilmiş ncRNA'ların çoğunun işlevi belirlenmemiş olduğu için birçoğunun işlevsel olmaması mümkündür.[4]

ncRNA'nın biyolojik rolleri

Kodlamayan RNA'lar birkaç gruba ayrılmıştır ve çeşitli hücresel süreçlerde yer alırlar. Bazıları merkezî bir öneme sahiptir ve, tüm veya çoğu canlılarda korunmuştur. Diğerleri kısa ömürlüdür ve ancak birbirine yakın ilişkili bazı türlerde görülür. Daha yaygın olarak korunmuş ncRNA'ların son ortak ata ve RNA dünyasından moleküler fosil veya kalıntılar oldukları düşünülür.[5][6][7]

Çevrimdeki ncRNA'lar

Moleküler biyolojinin merkezî dogması (DNA -> RNA -> protein), ncRNA'ların yer aldıkları süreçlerle beraber gösterimi. RNPler kırmızı, ncRNA'lar mavi gösterilmiştir.

Korunmuş, gerekli ve yaygın ncRNA'ların çoğu çevrim süreci ile ilişkilidirler. Ribozom olarak adlandırılan ribonükleoprotein (RNP) tanecikler hücrede çevrimin gerçekleştiği 'fabrika'lardır. Ribozom'un %60'ı ribozomal RNA'dan oluşur, bunlar prokaryotlarda 3 ncRNA, ökaryotlarda 4 ncRNA'dan oluşur. Ribozomal RNA'lar nükleotit dizilerin proteine çevrimini katalizler. Bir diğer ncRNA türü taşıyıcı RNA'dır, bunlar mRNA ile inşa edilen proteinler arasında 'adaptör molekül' oluştururlar. H/ACA kutusu ve c/D kutusu snoRNA'lar, arke ve ökaryotlarda bulunur, RNaz MRP ise ökaryotlarla sınırlıdır, bu ncRNA'ların her ikisi de rRNA'nın olgunlaşmasında rol oynarlar. snoRNA'lar rRNA, tRNA ve snRNA'ların kovalent değişimine kılavuzluk ederler, RNAz MRP, beraber transkripsiyonu yapılan 18S ve 5.8S rRNA'lar arasındaki aralığı keser. RNaz P, RNaz MRP'nin evrimsel akrabasıdır.[8] RNaz P, öncül tRNA'ların 5' lider bölgelerindeki dizi elemanlarını keserek olgun tRNA'ların oluşmasını sağlar. SRP olarak adlandırılan bir diğer yaygın RNP, yeni oluşmuş belli proteinleri tanıyıp bunları, ökaryotlar durumunda endoplazmik retikuluma, prokaryotlar durumunda ise plazma zarına taşır. Bakterilerde Taşıyıcı-mesajcı RNA (tmRNA) tökezlemiş ribozomları kurtarılmasıyla ilşkili bir RNP'dir, eksik sentezlenmiş polipeptitleri etiketler ve bozuk RNA'nın yıkımına önayak olur.

RNA uçbirleştirmesinde ncRNA'lar

Ökaryotlarda splisozom, intron dizilerinin çıkartılması için gerekli olan uçbirleştirme reaksiyonlarını meydana getirir, bu süreç olgun mRNA'nın oluşması için zorunludur. Splisozom, snRNP veya tri-snRNP olarak da adlandırılan bir diğer RNP'dir. Splisozomun iki biçimi vardır, bunlar majör ve minör biçimler olarak adlandırılır. Majör splisozomun ncRNA bileşenleri U1, U2, U4 ve U5'tir. Minör splisozomun ncRNA bileşenleri U11, U12, U5, U4atac ve U6atac'dir.

Bazı intronlar öncül transkriptten çıkarılmalarını kendileri katalizler, bunlara öz-uçbirleştirici RNA denir. Öz-uçbirleştirici RNA'ların iki ana grubu vardır, bunlar grup I katalitik intron ve grup II katalitik intronlardır. Bu ncRNA'lar, çoğu organızmada mRNA, tRNA ve rRNA prekürsörlerinden kendi kendilerinin çıkartılmalarını katalizler.

Memelilerde snoRNA'ların mRNA'nın alternatif uçbirleştirmesini düzenlediği bulunmuştur. Örneğin HBII-52 adlı snoRNA, serotonin reseptör 2C'nin uçbirleştirmesini düzenler.[9]

Nematodlarda SmY adlı ncRNA, mRNA trans-uçbirleştirmesinde rol oynar.

Gen regülayonunda ncRNA'lar

Binlerce genin ifadesi ncRNA'lar tarafından düzenlenir. Bu düzenleme trans veya cis etkili olabilir.

trans-etkiyen ncRNA'lar

Yüksek ökaryotlarda mikroRNA'lar (miRNA'lar) gen ifadesini düzenler. Tek bir miRNA yüzlerce genin ifade düzeyini azaltabilir. Olgun miRNA moleküllerin etki mekanizması mRNA molekülleri ile kısmî komplemantarite yoluyla, genelde 3' UTR bölgesinde olur. miRNA'ların ana işlevi gen ifadesini aşağı düzenlemektir.

RNaz P de gen ifadesine etki eden bir ncRNA'dır. İnsan hücrelerinin çekirdeğinde RNaz polimeraz III tarafından yazılan çeşitli ncRNA'ların normal ve verimli transkripsiyonu için RNaz P gereklidir. Bunların arasında tRNA, 5S rRNA, Sinyal tanıma taneciği RNA'sı ve U6 snRNA genleri bulunur. RNaz P, Pol III ve aktif tRNA ve 5S rRNA genlerinin kromatini ile birleşerek transkripsiyon üzerindeki etkisini gösterir.[10]

7SK RNA adlı bir metazoan ncRNA türü, RNA polimeraz II uzama faktörü P-TEFb'nin bir negatif düzenleyicisi olarak etki ettiği ve bu etkinliğin stres tepki yolağı (stress response pathway) tarafından etkilendiği gösterilmiştir.

Bakteriyel bir ncRNA olan 6S RNA, sigma70 spesifisite faktörünü içeren RNA polimeraz holoenzimi ile birleşir. Bu etkileşim sonucu, bakteriyel büyümenin duraklama evresinde (stationary phase) sigma70-bağımlısı promotörlerden gen ifadesini bastırır.

Bir diğer bakteriyel ncRNA, OxyS RNA, Shine-Dalgarno dizilerine bağlanarak ribozomun bağlanmasına engel olur ve çevrimi inhibe eder.

B2 RNA, RNA polimeraz III tarafından üretilen küçük bir transkripttir, ısı şokuna tepki olarak fare hücrelerinde mRNA transkripsiyonunu bastırır. B2 RNA, çekirdek (core) Pol II'ye bağlanarak promotörde bir başlama-öncesi kompleksi oluşturur ve RNA sentezini bloke eder. [11]

ncRNA dizilerinin transkripsiyonunun gen ekspresiyonuna etki ettiği gösterilmiştir. Schizosaccharomyces pombe mayasında RNA polimeraz II tarafından ncRNA'ların transkripsiyonu kromatinin yeniden şekillenmesi için gereklidir. ncRNA türlerinin transkripsiyonu yapıldıkça kromatin daha "açık" bir biçim alır.[12]

cis-etkiyen ncRNA'lar

Bazı Protein kodlayan genlerin 5' UTR bölgelerinde ncRNA'lar bulunur, bunlar çeşitli yollardan ifadeye etki eder. Örneğin, bir ribo-anahtar, bir küçük hedef moleküle doğrudan bağlanıp genin etkinliğini değiştirebilir.

Amino asit biyosentetik operonlarının ilk geninin ön tarafında (akış yukarısında) RNA lider dizileri bulunur. Bu RNA dizi elemanları, iki farklı yapı oluşturabilir, ayrıca ribozom tarafından çevrilince operonun son ürünü olan amino asitten çok sayıda bulunduran kısa peptit diziler kodlar. Düzenleyici amino asitten bol miktarda bulunduğu ve ribozomun hareketi engellenmediği zamanlarda, RNA'nın bu bölgesinde bir RNA polimerazı durduran bir sonlandırıcı yapı oluşur. Buna karşın, düzenleyici amino asiti taşıyan yüklü tRNA'dan yeterli miktarda yoksa, lider peptit çevrimini yapmakta olan ribozom "tökezler" ve bir anti-sonlandırıcı yapı oluşur. Bu yeni oluşan yapı RNA polimerazın operonun transkripsiyonunu yapmasına izin verir. Bu şekilde çalıştığı bilinen RNA liderli operonlar, histidin, treonin ve triptofan operon liderleridir.

Demir tepki elemanları, (İngilizce Iron response element veya IRE) demir tepki proteinleri (iron response proteins veya IRP) tarafından bağlanır. Bu IRE dizi elemanları, demir metabolizmasıyla ilgili proteinleri kodlayan çeşitli mRNA'ların UTR'lerinde (çevrilmeyen bölgelerinde) bulunur. Demir konsantrasyonu düşük olunca IRP, ferritin mRNA IRE'sine bağlanarak çevrim baskılamasına yol açar.

Dahilî ribozom giriş konumları (İngilizce Internal ribosome entry site veya IRE), bir mRNA dizisinin ortasında çevrimin başlamasını sağlayan RNA yapılarıdır.

ncRNA'lar ve Genom savunması

Memeli testis ve somatik hücrelerinde ifade edilen Piwi-etkileşimli RNA'lar (piRNA'lar), Piwi proteinleri ile RNA-protein kompleksleri oluşturur. Bu piRNA kompleksleri (piRNA complexes veya piRC) retrotranspozonların ve spermatogenez ile ilgili genetik elemanların transkripsiyonel gen susturması ile ilişkilendirilmişlerdir.

Düzenli aralıklarla bölünmüş palindromik tekrar kümeleri (İng. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats veya CRISPR), çoğu bakteri ve arke'nin DNA'sında görülen tekrar dizileridir. Bu tekrarlar benzer uzunluklu aralıklarla birbirlerinden ayrılmıştır. Bu aralıkların fajlardan elde edildiği ve hücreyi enfeksiyondan koruduğu gösterilmiştir.

ncRNA'lar ve kromozom yapısı

Telomeraz, kromozomlarin telomer bölgelerine spesifik olan DNA dizi tekrarları (örneğin omurgalılarda "TTAGGG") ekleyen bir RNP enzimidir. Telomerler ökaryot kromozomlarının uçlarında bulunan özelleşmiş bölgelerdir, DNA'larının yoğunlaşmış durumda olması kromozoma stabilite sağlar. Telomerler her hücre bölünmesinde kısalır ve sonra telomeraz tarafından normal uzunluğuna geri getirilir. Telomeraz bir ters transkriptazdır, içerdiği telomeraz RNA, telomerlerin uzatılmasında bir kalıp olarak kullanılır

Xist (X-inactive-specific transcript) plasentalı memelilerin X kromozomunda bulunan uzun bir ncRNA'dır, Barr cisimleri oluşturan X kromozom inaktivasyonunda rol oynayan önemli bir unsurdur. Tsix adlı antianlam RNA Xist'in bir negatif düzenleyicisidir. Tsix ifadesi olmayan (ve dolayısıyla yüksek Xist transkripsiyon düzeyleri olan) X kromozomları, normal kromozomlardan daha sık inaktive olur. XY cinsiyet belirleme sistemi kullanan Drosophila'da da, roX (İng. RNA on the X teriminden) RNA'ları dozaj telafisinde rol oynar.[13] Xist ve roX, epigenetik transkripsiyon düzenlemesi yoluyla çalışırlar, bu süreçte histon modifiye edici enzimler seferber edilir.

Çift işlevli RNA

Çift işlevli RNA'lar iki farklı işleve sahip RNA'lardır.[14][15] Bilinen çift işlevli RNA'ların çoğunluğu hem prtoein kodlayan mRNA hem de ncRNA'dırlar. Artan sayıda ncRNA'nın iki farklı ncRNA kategorisine (örneğin H/ACA box snoRNA ve miRNA[16][17]) girdiği keşfedilmektedir.

Çift işlevli RNA'ların iyi bilinen iki örneği SgrS RNA ve RNAIII'tür. Başka çift örnekli RNA'ların da varlığı bilinmektedir, örneğin, SRA (Steroid Receptor Activator, Steroid Reseptör Etkinleştiricisi)[18], VegT RNA [19][20], Oskar RNA [21] ve enod40 [22].

ncRNA ve hastalıklar

Ayrıca bakınız: Hastalıklarda uzun kodlamayan RNA'lar

Proteinlerde olduğu gibi, ncRNA'larda da mutasyonlar veya ncRNA repertuvarındaki dengesizlikler çeşitli hastalıklara yol açabilir.

Kanser

Çoğu ncRNA'lar kanserli dokularda anormal biçimde ifade edilir. Bunlar arasında miRNA'lar,[23] long mRNA-like ncRNAs[24][25], telomeraz RNA ve Y RNA'lar sayılabilir.[26] miRNA'lar, protien kodlayan pek çok genin düzenlenmesinde rol oynar,[27][28] Y RNA'lar DNA ikileşmesinin başlatılmasında önemlidir[29], telomeraz RNA, telomeraz için kalıp (primer) olarak görev yapar (daha çok bilgi için bkz. Telomer#Telomerler ve hastalık). mRNA-benzeri ncRNA'ların işlevi henüz iyi bilinmemektedir.

miR-16-1 ve miR-15 birincil öncüllerindeki mutasyonların kronik lenfositik lösemi hastalarının germ hücrelerinde çok daha sık olduğu gösterilmiştir, kontrol topluluklara kıyasla.[30][31]

hsa-mir-196a2 üzerinde bulunan ender bir SNP'in küçük hücre-olmayan akciğer karsinoması ile ilişkili olduğu gösterilmiştir.[32] Benzer şekilde, göğüs kanseri ile ilişkili genleri düzenlediği tahmin edilen 17 miRNA üzerinde yapılan bir elemede miR-17 ve miR-30c-1'de varyasyonlar bulunmuştur. Hastalarda BRCA1 veya BRCA2 bulunmadığı için, bu bulgu, ailesel göğüs kanserinin bu miRNA'lardaki varyasyonların neden olabileceği olasılığını ortaya çıkarmıştır.[33]

Prader-Willi sendromu

Prader-Willi sendromunun birincil nedeninin C/D kutulu snoRNA SNORD116'nın 48 kopyasının yok edilmesi olduğu gösterilmiştir.[34][35][36] Prader-Willi, aşırı yemek ve öğrenme zorlukları ile ilişkili bir gelişimsel bozukluktur. SNORD116'nın bir takım protein kodlayıcı genlerin içinde potansiyel bağlanma hedefleri vardır ve alternatif uçbirleştirme düzenlenmesinde bir rolü olabilir.[37]

Kıkırdak-saç hipoplazi

RNaz MRP içindeki mutasyonların kıkırdak-saç hipoplazisine neden olduğu gösterilmiştir. Amiş ve Finlandiyalılarda görülen bu hastalık kısa boy, seyrek saç, iskelet bozuklukları ve bastırılmış bağışıklık sisteminden oluşan bir belirtiler grubu ile ilişkilidir.[38][39][40] En iyi karakterize edilmiş varyant, korunmuş bir psödo-düğümün 5' tarafındaki bir ilmikte bulunan, nükleotit 70 konumundaki bir A->G transisyonudur. Ancak bu hastalığa neden olan çeşitli başka mutasyonlar da bilinmektedir.

Alzheimer hastalığı

BACE1-AS adlı ters anlamlı RNA'nın transkripsiyonu, BACE1'in karşı tarafındaki iplikten yapılır, Alzheimer hastalarında yukarı düzenlenmiştir.[41] BACE1-AS, transkripsiyon-sonrası bir ileri-besleme mekanizmasıyla BACE1 mRNA stabilitesini artırır ve BACE1 ifadesini düzenler. Ayrıca, aynı mekanizma ile senil plakların başlıca bileşeni olan, beta amiloid konsantrasyonunu da artırır. Alzheimer hastalarında ve amiloid öncül proteini ifade eden transgenik farelerde BACE1-AS konsantrasyonu yüksektir.

miR-96 ve duyma kaybı

Olgun miR-96'nın tohum bölgesindeki varyasyonlar, insan ve farelerde, otozomal baskın, ilerlen duyma kaybı ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Homozigot mutant fareler tamamen sağırdır, hiç kokleal tepki göstermezler. Heterozigot fare ve insanlar zamanla duyma yeteneklerini kaybederler. [42] [43] [44]

İşlevsel RNA ile ncRNA arasındaki farklılıklar

ncRNA terimi, yukarıda verilen tanımı dışında, mRNA'nın, RNA düzeyinde işlevsel olan bölgeleri için de kullanılmıştır. Bu tür RNA dizileri protein kodlamak dışında bir biyolojik işlevleri de vardır, protein kodlayıcı bir mRNA içinde yer almalarına rağmen. Bunların örnekleri arasında ribo-anahtarlar ve SECIS elemanları gösterilebilir. Bu tür ncRNA'lar ile protein kodlayıcı bölgeler örtüşebilir[45] ve dolayısıyla RNA ve protein düzeyinde olmak üzere çift işlevlidirler (örneğin SgrS RNA ve RNAIII) Ancak,Dizi Ontoloji'nin ncRNA tanımı kesinlikle hiç protein kodlayıcı diziler bulundurmayan bir RNA molekülüdür. Bu iki tanım birbiriyle çelişkili olduğu için bazı yayınlar[46][47][48] ncRNA yerine işlevsel RNA (İng. functional RNA veya fRNA) terimini kullanmaya başlamışlardır, protein kodlamalarından bağımsız olarak RNA düzeyinde işlevsel olan dizi bölgelerini tanımlamak için. Dolayısıyla her ncRNA aynı zamanda fRNA'dır, ama bazı fRNA'lar (ribo-anahtarlar, SECIS elemanları ve diğer cis-düzenleyici elemanlar) cnRNA olmayabilir. Ancak, mRNA'nın da protein kodlaması nedeniyle "işlevsel" olduğu öne sürülebilir. Ayrıca, yapay evrilmiş RNA'lar da fRNA teriminin altına girebilirler. Bazı yayınlar[49] ncRNA ve fRNA terimlerinin yaklaşık eşanlamlı olduğu belirtmiştir.

Ayrıca bakınız

Kaynaklar

  1. ↑ Cheng J, Kapranov P, Drenkow J, Dike S, Brubaker S, Patel S, Long J, Stern D, Tammana H, Helt G, Sementchenko V, Piccolboni A, Bekiranov S, Bailey DK, Ganesh M, Ghosh S, Bell I, Gerhard DS, Gingeras TR (2005). "Transcriptional maps of 10 human chromosomes at 5-nucleotide resolution.". Science 308 (5725): 1149–54. DOI:10.1126/science.1108625. PMID 15790807.
  2. ↑ ENCODE Project Consortium (2007). "Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project.". Nature 447 (7146): 799–816. DOI:10.1038/nature05874. PMID 17571346.
  3. ↑ Washietl S, Pedersen JS, Korbel JO, Stocsits C, Gruber AR, Hackermüller J, Hertel J, Lindemeyer M, Reiche K, Tanzer A, Ucla C, Wyss C, Antonarakis SE, Denoeud F, Lagarde J, Drenkow J, Kapranov P, Gingeras TR, Guigó R, Snyder M, Gerstein MB, Reymond A, Hofacker IL, Stadler PF (2007). "Structured RNAs in the ENCODE selected regions of the human genome.". Genome Res 17 (6): 852–64. DOI:10.1101/gr.5650707. PMID 17568003.
  4. ↑ Hüttenhofer A, Schattner P, Polacek N (2005). "Non-coding RNAs: hope or hype?". Trends Genet 21 (5): 289–97. DOI:10.1016/j.tig.2005.03.007. PMID 15851066.
  5. ↑ Jeffares DC, Poole AM, Penny D (1998). "Relics from the RNA world.". J Mol Evol 46 (1): 18–36. DOI:10.1007/PL00006280. PMID 9419222.
  6. ↑ Poole AM, Jeffares DC, Penny D (1998). "The path from the RNA world.". J Mol Evol 46 (1): 1–17. DOI:10.1007/PL00006275. PMID 9419221.
  7. ↑ Poole A, Jeffares D, Penny D (1999). "Early evolution: prokaryotes, the new kids on the block.". Bioessays 21 (10): 880–9. DOI:10.1002/(SICI)1521-1878(199910)21:10<880::AID-BIES11>3.0.CO;2-P. PMID 10497339.
  8. ↑ Zhu Y, Stribinskis V, Ramos KS, Li Y (2006). "Sequence analysis of RNase MRP RNA reveals its origination from eukaryotic RNase P RNA". RNA 12 (5): 699–706. DOI:10.1261/rna.2284906. PMID 16540690.
  9. ↑ Kishore S, Stamm S (2006). "The snoRNA HBII-52 regulates alternative splicing of the serotonin receptor 2C". Science 311 (5758): 230–231. DOI:10.1126/science.1118265. PMID 16357227.
  10. ↑ Reiner R, Ben-Asouli Y, Krilovetzky I, Jarrous N (2006). "A role for the catalytic ribonucleoprotein RNase P in RNA polymerase III transcription.". Genes Dev 20 (12): 1621–35. DOI:10.1101/gad.386706. PMID 16778078.
  11. ↑ Espinoza CA, Allen TA, Hieb AR, Kugel JF, Goodrich JA (2004). "B2 RNA binds directly to RNA polymerase II to repress transcript synthesis.". Nat Struct Mol Biol 11 (9): 822–9. DOI:10.1038/nsmb812. PMID 15300239.
  12. ↑ Hirota K, Miyoshi T, Kugou K, Hoffman CS, Shibata T, Ohta K (2008). "Stepwise chromatin remodelling by a cascade of transcription initiation of non-coding RNAs.". Nature 456 (7218): 130–4. DOI:10.1038/nature07348. PMID 18820678.
  13. ↑ Park Y, Kelley RL, Oh H, Kuroda MI, Meller VH (2002). "Extent of chromatin spreading determined by roX RNA recruitment of MSL proteins.". Science 298 (5598): 1620–3. DOI:10.1126/science.1076686. PMID 12446910.
  14. ↑ Wadler CS, Vanderpool CK (2007). "A dual function for a bacterial small RNA: SgrS performs base pairing-dependent regulation and encodes a functional polypeptide.". Proc Natl Acad Sci USA 104 (51): 20454–9. DOI:10.1073/pnas.0708102104. PMID 18042713.
  15. ↑ Dinger ME, Pang KC, Mercer TR, Mattick JS (2008). "Differentiating protein-coding and noncoding RNA: challenges and ambiguities.". PLoS Comput Biol 4 (11): e1000176. DOI:10.1371/journal.pcbi.1000176. PMID 19043537.
  16. ↑ Saraiya AA, Wang CC (2008). "snoRNA, a novel precursor of microRNA in Giardia lamblia.". PLoS Pathog 4 (11): e1000224. DOI:10.1371/journal.ppat.1000224. PMID 19043559.
  17. ↑ Ender C, Krek A, Friedländer MR, Beitzinger M, Weinmann L, Chen W, Pfeffer S, Rajewsky N, Meister G (2008). "A human snoRNA with microRNA-like functions.". Mol Cell 32 (4): 519–28. DOI:10.1016/j.molcel.2008.10.017. PMID 19026782.
  18. ↑ Leygue E (2007). "Steroid receptor RNA activator (SRA1): unusual bifaceted gene products with suspected relevance to breast cancer.". Nucl Recept Signal 5: e006. PMID 17710122.
  19. ↑ Zhang J, King ML (1996). "Xenopus VegT RNA is localized to the vegetal cortex during oogenesis and encodes a novel T-box transcription factor involved in mesodermal patterning.". Development 122 (12): 4119–29. PMID 9012531.
  20. ↑ Kloc M, Wilk K, Vargas D, Shirato Y, Bilinski S, Etkin LD (2005). "Potential structural role of non-coding and coding RNAs in the organization of the cytoskeleton at the vegetal cortex of Xenopus oocytes.". Development 132 (15): 3445–57. DOI:10.1242/dev.01919. PMID 16000384.
  21. ↑ Jenny A, Hachet O, Závorszky P, Cyrklaff A, Weston MD, Johnston DS, Erdélyi M, Ephrussi A (2006). "A translation-independent role of oskar RNA in early Drosophila oogenesis.". Development 133 (15): 2827–33. DOI:10.1242/dev.02456. PMID 16835436.
  22. ↑ Gultyaev AP, Roussis A (2007). "Identification of conserved secondary structures and expansion segments in enod40 RNAs reveals new enod40 homologues in plants.". Nucleic Acids Res 35 (9): 3144–52. DOI:10.1093/nar/gkm173. PMID 17452360.
  23. ↑ Lu J, Getz G, Miska EA, Alvarez-Saavedra E, Lamb J, Peck D, Sweet-Cordero A, Ebert BL, Mak RH, Ferrando AA, Downing JR, Jacks T, Horvitz HR, Golub TR (2005). "MicroRNA expression profiles classify human cancers". Nature 435 (7043): 834–8. DOI:10.1038/nature03702. PMID 15944708.
  24. ↑ Pibouin L, Villaudy J, Ferbus D, Muleris M, Prospéri MT, Remvikos Y, Goubin G (2002). "Cloning of the mRNA of overexpression in colon carcinoma-1: a sequence overexpressed in a subset of colon carcinomas". Cancer Genet Cytogenet 133 (1): 55–60. DOI:10.1016/S0165-4608(01)00634-3. PMID 11890990.
  25. ↑ Fu X, Ravindranath L, Tran N, Petrovics G, Srivastava S (2006). "Regulation of apoptosis by a prostate-specific and prostate cancer-associated noncoding gene, PCGEM1". DNA Cell Biol 25 (3): 135–41. DOI:10.1089/dna.2006.25.135. PMID 16569192.
  26. ↑ Christov CP, Trivier E, Krude T (2008). "Noncoding human Y RNAs are overexpressed in tumours and required for cell proliferation". Br J Cancer 98 (5): 981–8. DOI:10.1038/sj.bjc.6604254. PMID 18283318.
  27. ↑ Farh KK, Grimson A, Jan C, Lewis BP, Johnston WK, Lim LP, Burge CB, Bartel DP (2005). "The widespread impact of mammalian MicroRNAs on mRNA repression and evolution". Science 310 (5755): 1817–21. DOI:10.1126/science.1121158. PMID 16308420.
  28. ↑ Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J, Bartel DP, Linsley PS, Johnson JM (2005). "Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs". Nature 433 (7027): 769–73. DOI:10.1038/nature03315. PMID 15685193.
  29. ↑ Christov CP, Gardiner TJ, Szüts D, Krude T (2006). "Functional requirement of noncoding Y RNAs for human chromosomal DNA replication". Mol Cell Biol 26 (18): 6993–7004. DOI:10.1128/MCB.01060-06. PMID 16943439.
  30. ↑ Calin GA, Ferracin M, Cimmino A, et al (October 2005). "A MicroRNA signature associated with prognosis and progression in chronic lymphocytic leukemia". N. Engl. J. Med. 353 (17): 1793–801. DOI:10.1056/NEJMoa050995. PMID 16251535. http://content.nejm.org/cgi/content/full/353/17/1793.
  31. ↑ Calin, GA; Dumitru CD, Shimizu M, Bichi R, Zupo S, Noch E, Aldler H, Rattan S, Keating M, Rai K, Rassenti L, Kipps T, Negrini M, Bullrich F, Croce CM (2002). "Frequent deletions and down-regulation of micro-RNA genes miR15 and miR16 at 13q14 in chronic lymphocytic leukemia". Proc Natl Acad Sci USA 99: 15524–15529. DOI:10.1073/pnas.242606799. PMID 12434020.
  32. ↑ Hu Z, Chen J, Tian T, Zhou X, Gu H, Xu L, Zeng Y, Miao R, Jin G, Ma H, Chen Y, Shen H (2008). "Genetic variants of miRNA sequences and non-small cell lung cancer survival". J Clin Invest 118 (7): 2600–8. PMID 18521189.
  33. ↑ Shen J, Ambrosone CB, Zhao H (2009). "Novel genetic variants in microRNA genes and familial breast cancer". Int J Cancer 124 (5): 1178–82. DOI:10.1002/ijc.24008. PMID 19048628.
  34. ↑ Sahoo T, del Gaudio D, German JR, Shinawi M, Peters SU, Person RE, Garnica A, Cheung SW, Beaudet AL (2008). "Prader-Willi phenotype caused by paternal deficiency for the HBII-85 C/D box small nucleolar RNA cluster.". Nat Genet 40 (6): 719–21. DOI:10.1038/ng.158. PMID 18500341.
  35. ↑ Ding F, Li HH, Zhang S, Solomon NM, Camper SA, Cohen P, Francke U (2008). "SnoRNA Snord116 (Pwcr1/MBII-85) deletion causes growth deficiency and hyperphagia in mice.". PLoS ONE 3 (3): e1709. DOI:10.1371/journal.pone.0001709. PMID 18320030.
  36. ↑ Ding F, Prints Y, Dhar MS, Johnson DK, Garnacho-Montero C, Nicholls RD, Francke U (2005). "Lack of Pwcr1/MBII-85 snoRNA is critical for neonatal lethality in Prader-Willi syndrome mouse models.". Mamm Genome 16 (6): 424–31. DOI:10.1007/s00335-005-2460-2. PMID 16075369.
  37. ↑ Bazeley PS, Shepelev V, Talebizadeh Z, Butler MG, Fedorova L, Filatov V, Fedorov A (2008). "snoTARGET shows that human orphan snoRNA targets locate close to alternative splice junctions.". Gene 408 (1-2): 172–9. DOI:10.1016/j.gene.2007.10.037. PMID 18160232.
  38. ↑ Ridanpää M, van Eenennaam H, Pelin K, Chadwick R, Johnson C, Yuan B, vanVenrooij W, Pruijn G, Salmela R, Rockas S, Mäkitie O, Kaitila I, de la Chapelle A (2001). "Mutations in the RNA component of RNase MRP cause a pleiotropic human disease, cartilage-hair hypoplasia.". Cell 104 (2): 195–203. DOI:10.1016/S0092-8674(01)00205-7. PMID 11207361.
  39. ↑ Martin AN, Li Y (2007). "RNase MRP RNA and human genetic diseases.". Cell Res 17 (3): 219–26. PMID 17189938.
  40. ↑ Kavadas FD, Giliani S, Gu Y, Mazzolari E, Bates A, Pegoiani E, Roifman CM, Notarangelo LD (2008). "Variability of clinical and laboratory features among patients with ribonuclease mitochondrial RNA processing endoribonuclease gene mutations.". J Allergy Clin Immunol 122 (6): 1178–84. DOI:10.1016/j.jaci.2008.07.036. PMID 18804272.
  41. ↑ Faghihi MA, Modarresi F, Khalil AM, Wood DE, Sahagan BG, Morgan TE, Finch CE, St Laurent G, Kenny PJ, Wahlestedt C (2008). "Expression of a noncoding RNA is elevated in Alzheimer's disease and drives rapid feed-forward regulation of beta-secretase.". Nat Med 14 (7): 723–30. DOI:10.1038/nm1784. PMID 18587408.
  42. ↑ Mencía A, Modamio-Høybjør S, Redshaw N, Morín M, Mayo-Merino F, Olavarrieta L, Aguirre LA, del Castillo I, Steel KP, Dalmay T, Moreno F, Moreno-Pelayo MA (2009). "Mutations in the seed region of human miR-96 are responsible for nonsyndromic progressive hearing loss.". Nat Genet 41 (5): 609-13. PMID 19363479.
  43. ↑ Lewis MA, Quint E, Glazier AM, Fuchs H, De Angelis MH, Langford C, van Dongen S, Abreu-Goodger C, Piipari M, Redshaw N, Dalmay T, Moreno-Pelayo MA, Enright AJ, Steel KP (2009). "An ENU-induced mutation of miR-96 associated with progressive hearing loss in mice.". Nat Genet 41 (5): 614-8. PMID 19363478.
  44. ↑ Soukup GA (2009). "Little but loud: Small RNAs have a resounding affect on ear development.". Brain Res. PMID 19245798.
  45. ↑ Marcel E. Dinger, Ken C. Pang, Tim R. Mercer, John S. Mattick (2008). "Differentiating Protein-Coding and Noncoding RNA: Challenges and Ambiguities". PLOS Computational Biology 4 (11): e1000176. DOI:10.1371/journal.pcbi.1000176. http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000176.
  46. ↑ Richard J. Carter, Inna Dubchak, Stephen R. Holbrook (2001). "A computational approach to identify genes for functional RNAs in genomic sequences". Nucleic Acids Research 29 (19): 3928–3938. http://www.pubmedcentral.nih.gov.oca.ucsc.edu/articlerender.fcgi?artid=60242&rendertype=abstract.
  47. ↑ Jakob Skou Pedersen, Gill Bejerano, Adam Siepel, Kate Rosenbloom, Kerstin Lindblad-Toh, Eric S. Lander, Jim Kent, Webb Miller, David Haussler (2006). "Identification and Classification of Conserved RNA Secondary Structures in the Human Genome". PLOS Computational Biology 2 (4): e33. DOI:10.1371/journal.pcbi.0020033. http://compbiol.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pcbi.0020033.
  48. ↑ Tomas Babak, Benjamin J Blencowe, Timothy R Hughes (2007). "Considerations in the identification of functional RNA structural elements in genomic alignments". BMC Bioinformatics 8 (8): 33. DOI:10.1186/1471-2105-8-21. http://www.pubmedcentral.nih.gov.oca.ucsc.edu/articlerender.fcgi?artid=1803800&rendertype=abstract.
  49. ↑ Sean Eddy (2001). "Non–coding RNA genes and the modern RNA world". Nature Reviews Genetics 2 (2): 919–929. DOI:10.1038/35103511.

Dış bağlantılar

This article is issued from Vikipedi - version of the 6/30/2016. The text is available under the Creative Commons Attribution/Share Alike but additional terms may apply for the media files.